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Frauen und Männer werden im Justizvollzug getrennt untergebracht. Für weibliche Strafgefangene gibt es in Nordrhein-Westfalen in den Justizvollzugsanstalten Bielefeld-Brackwede, Bielefeld-Senne, Gelsenkirchen, Köln und Duisburg-Hamborn (Zweiganstalt Dinslaken) jeweils eigene Abteilungen. Mit den Justizvollzugsanstalten Iserlohn und Willich II unterhält Nordrhein-Westfalen außerdem zwei reine Justizvollzugsanstalten für Frauen.
Für den Vollzug der Jugendstrafe bei weiblichen Gefangenen und die Untersuchungshaft an weiblichen Jugendlichen und Heranwachsenden ist die Justizvollzugsanstalt Iserlohn zuständig.
Im Frauenvollzug stehen rund 1.200 Haftplätze zur Verfügung. Rund ein Viertel der Haftplätze für weibliche Gefangene befindet sich im offenen Vollzug in der Justizvollzugsanstalt Bielefeld-Senne.
Der Justizvollzug in Nordrhein-Westfalen verfügt über eine eigene Mutter-Kind-Einrichtung, die neben dem Justizvollzugskrankenhaus Fröndenberg liegt und diesem zugeordnet ist.
Der Frauenvollzug unterscheidet sich aufgrund der unterschiedlichen Bedürfnisse in manchen Punkten vom Männervollzug. Der Frauenvollzug in Nordrhein-Westfalen ist ein Mehrgenerationenvollzug. Eine Binnendifferenzierung nach Alter, Vollzugsdauer und Delikt ist schon aufgrund des prozentual kleinen Anteils von weiblichen Inhaftierten nicht möglich.